En Ubuntu cuando arrancas el sistema no es como en Windows que se montan todas las particiones del disco duro al principio.
En Ubuntu solo se monta (por defecto) la partición donde tienes el sistema de archivos, por lo que si tienes algún programa en otra partición, o datos a los que suelas acceder con frecuencia, tienes que montar la partición siempre la primera vez que vayas a acceder.
Aunque esto no supone demasiada molestia porque Ubuntu las reconoce y las monta automaticamente cuando haces click en la unidad (en el menú Lugares están todas las particiones que Ubuntu reconoce).

Pero el problema viene cuando tienes más de una partición en el disco duro. Ubuntu pone el alias de /media/disk a la primera partición del disco duro en montarse, disk-1 a la segunda, disk-2 a la tercera y así sucesivamente y todos los puntos de montaje los guarda en el directorio /media/.
Imaginemonos que tenemos el sistema de archivos de Ubuntu, una segunda partición ext2 y la partición ntfs de Windows. Dentro de la segunda partición (la del tipo ext2) tenemos un directorio con toda nuestra música que se llama ‘Musica’.
Lo que queremos hacer ahora es indexar toda la biblioteca musical en un programa tipo Rhythmbox y lo que hacemos es montar la partición de manera que la ruta será /media/disk (suponiendo que no hemos montado ninguna otra antes). Entonces indexamos nuestra biblioteca musical a partir del directorio /media/disk/Musica y escuchamos música sin parar.

Apagamos el ordenador y lo encendemos de nuevo. Montamos la partición de Windows (/media/disk) porque necesitamos coger algún dato y montamos la partición ext2 para escuchar música (/media/disk1). Y tachán! Ya tenemos el error porque Rhythmbox busca el archivo de música que quieras escuchar en /media/disk/Musica (que es donde pusiste que indexara) y no encuentra nada porque realmente está en /media/disk1/Musica.
Esto sucede porque al montar primero la partición de Windows le diste el nombre de /media/disk. Para escuchar música lo que tendrías que hacer es desmontar las 2 y volver a montar partición ext2 para que tuviera el nombre /media/disk y poder escuchar música. Y esto si que es molesto :p

La solución está en montar la partición ext2 al arranque de Ubuntu y darle un nombre concreto. De esta manera no cambiará nunca la ruta /media/NOMBRE_CONCRETO y así no tendremos el problema.

Para hacer esto existe un archivo que se llama fstab que es la que ordena el montaje de las particiones y dispositivos al inicio de Ubuntu (tanto es así que este archivo ordena el montaje del sistema raiz). Lo primero que tienes que hacer es saber el nombre del dispositivo en el directorio /dev/. Para ello si usas Gnome puedes utilizar la herramienta gparted.

$ gparted

Y ves como se llama tu particion. En mi caso es sda7. Esto significa que /dev/sda7 es el enlace a la partición. Una vez tienes localizado el nombre del enlace debes editar el archivo fstad que está dentro del directorio /etc. (usa otra instrucción sino usas Gnome)

$ sudo gedit /etc/fstab

Una vez tengas abierto el editor verás que hay ya líneas escritas que son las que corresponden con el montaje del sistema raiz o la partición swap. Ahora escribes al final del archivo:

#Particion secundaria
/dev/sdaN    /media/NOMBRE_CONCRETO ext2    auto,nodev,rw,noexec,sync,user    0    0

Sustituyendo /dev/sdaN por el nombre del enlace que conseguiste antes mediante gparted. Y sustituyendo también NOMBRE_CONCRETO por el nombre que le quieras dar (yo tengo Secundario). Ten en cuenta que los espacios que hay entre parámetro y parámetro son tabulaciones.

Ahora lo último que tienes que hacer es crear el punto de montaje. Para esto solo tienes que crear en /media un directorio que se llame NOMBRE_CONCRETO (el nombre que le hayas dado, en mi caso Secundario):

$ sudo mkdir /media/NOMBRE_CONCRETO

Ya está todo hecho, ahora para probarlo puedes hacer dos cosas: Reiniciar el ordenador o ejecutar:

$ sudo mount -a

Y ahora ya puedes indexar tu música o lo que quieras sin miedo a que cambie de nombre el punto de montaje.

Un saludo!